운봉읍은 삼한시대(三韓)에는 진한(辰韓)의 영토였고 삼국시대에는 모산현(母山懸)으로 신라의 국경 요새지였다. 그 후 신라경덕왕 16년(757)에 운봉현(雲峰縣:일명 雲城)으로 개칭하여 천령군(天嶺郡:경남 함양군)의 속현(屬縣)이 되었다가 고려 태조 23년(940)에 남원부(南原府)로 편입되어 남면(南面), 북면(北面), 상도방(上道坊), 하도방(下道坊), 산내면(山內面), 동면(東面) 등 6개 방을 관할하였다.
조선조에 이르러 숙종 34년(1708)에 남원부에 있던 남원좌영(南原左營)이 옮겨왔고, 이어 고종 33년(1896)에 운봉현이 군(郡)으로 승격되어 군내면(郡內面)의 용산(龍山), 당월(當月), 북천(北天), 동천(東川), 서천(西川), 신기(新基) 등 6개 마을과 남면(南面)의 원평(元坪), 주촌(舟村), 봉곡(鳳谷), 신촌(新村), 가장(佳匠), 덕산(德山), 유평(柳坪), 행정(杏亭), 수철(水鐵), 공안(孔安), 용은(龍隱), 엄계(嚴溪), 삼산(三山), 교촌(校村), 산덕(山德), 준향(準香) 등 16개 마을, 서면(西面)의 여원(女院), 장치(獐峙), 장교(長橋), 연동(連洞), 가동(加洞), 권포(權布), 임리(林里), 매요(梅要), 가산(佳山), 양지(陽地), 화수(化水), 전촌(前村), 옥계(玉溪), 소석(小石) 등 14개 마을과 북상면(北上面:현재의 아영면), 북하면(北下面:현재의 아영면), 동면(東面:현재의 동면), 산내면(山內面:현재의 산내면) 등 7개면을 관할하였다.
1914년 행정구역 통폐합으로 운봉군(雲峰郡)이 4개의 면(面)으로 개편되어 남원군(南原郡)에 편입되었다. 이때 군내면, 남면, 서면, 북면과 남원군의 상원천면(上元川面)의 노치리 일부와 장수군(長水郡) 하번암면의 아룡리 일부를 병합하여 아영면(阿英面), 동면과 산내면은 그대로 동면과 산내면으로 분리되었다.
그후 1995년 1월1일 남원시ㆍ군의 통합으로 남원시 운봉면으로 되었다가 1995년 3월2일 면(面)이 읍(邑)으로 승격되어 주촌, 덕산, 공안, 행정, 산덕, 동천, 용산, 북천, 서천, 준향, 권포, 임리, 신기, 매요, 가산, 화수 등 17개 법정리, 33개 행정리, 42개 자연마을, 99개 반으로 구성되어 있다.